Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)

Siakap (Lates calcarifer) merupakan spesies ikan yang penting dari segi ekonomi di Malaysia. Dalam kajian ini, satu perpustakaan genom L. calcarifer telah dibina. DNA genom telah dipencil daripada tisu otot L. calcarifer, diserpih secara nebulisasi, dibaiki hujung tumpul dan diligasi ke dalam vektor...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors:	Pan-Pan Chong, Adura Mohd-Adnan, Kiew-Lian Wan
Format:	Article
Published:	Universiti Kebangsaan Malaysia 2005
Online Access:	http://journalarticle.ukm.my/3902/ http://journalarticle.ukm.my/3902/

id	ukm-3902
recordtype	eprints
spelling	ukm-39022012-05-07T04:19:01Z http://journalarticle.ukm.my/3902/ Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer) Pan-Pan Chong, Adura Mohd-Adnan, Kiew-Lian Wan, Siakap (Lates calcarifer) merupakan spesies ikan yang penting dari segi ekonomi di Malaysia. Dalam kajian ini, satu perpustakaan genom L. calcarifer telah dibina. DNA genom telah dipencil daripada tisu otot L. calcarifer, diserpih secara nebulisasi, dibaiki hujung tumpul dan diligasi ke dalam vektor plasmid pCR®4Blunt-TOP®. Campuran ligasi seterusnya telah ditransformasikan ke dalam Escherichia coli. Bagi mencirikan perpustakaan genom yang terhasil, DNA plasmid telah diekstrak daripada klon-klon rekombinan yang dipilih secara rawak. Elektroforesis gel agaros menunjukkan klon-klon rekombinan ini membawa selitan DNA yang bersaiz di antara 0.5 kb - 3.5 kb, dengan purata saiz 1.7 kb. Seterusnya, penjujukan DNA telah dijalankan dengan menggunakan DNA plasmid yang diperoleh sebagai templat. Sebanyak 121 jujukan rawak telah dihasilkan daripada perpustakaan genom L. calcarifer ini. Analisis jujukan rawak memberikan implikasi yang perpustakaan ini adalah representatif bagi genom L. calcarifer. Berdasarkan persamaan dengan jujukan dalam pangkalan data, 17% jujukan rawak ini didapati mempunyai keputusan BLAST yang bermakna, yang menunjukkan mereka mewakili gen L. calcarifer. Analisis dengan menggunakan perisian RepeatMasker menunjukkan sebanyak 25% jujukan rawak ini dikenal pasti sebagai unsur berulang. Pencirian awal terhadap perpustakaan genom ini menunjukkan ia berpotensi sebagai sumber yang berguna dalam kajian genom L. calcarifer. Universiti Kebangsaan Malaysia 2005-12 Article PeerReviewed Pan-Pan Chong, and Adura Mohd-Adnan, and Kiew-Lian Wan, (2005) Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer). Sains Malaysiana, 34 (1). pp. 27-32. ISSN 0126-6039 http://www.ukm.my/jsm/english_journals/vol34num1_2005/vol34num1_05page27-32.html
repository_type	Digital Repository
institution_category	Local University
institution	Universiti Kebangasaan Malaysia
building	UKM Institutional Repository
collection	Online Access
description	Siakap (Lates calcarifer) merupakan spesies ikan yang penting dari segi ekonomi di Malaysia. Dalam kajian ini, satu perpustakaan genom L. calcarifer telah dibina. DNA genom telah dipencil daripada tisu otot L. calcarifer, diserpih secara nebulisasi, dibaiki hujung tumpul dan diligasi ke dalam vektor plasmid pCR®4Blunt-TOP®. Campuran ligasi seterusnya telah ditransformasikan ke dalam Escherichia coli. Bagi mencirikan perpustakaan genom yang terhasil, DNA plasmid telah diekstrak daripada klon-klon rekombinan yang dipilih secara rawak. Elektroforesis gel agaros menunjukkan klon-klon rekombinan ini membawa selitan DNA yang bersaiz di antara 0.5 kb - 3.5 kb, dengan purata saiz 1.7 kb. Seterusnya, penjujukan DNA telah dijalankan dengan menggunakan DNA plasmid yang diperoleh sebagai templat. Sebanyak 121 jujukan rawak telah dihasilkan daripada perpustakaan genom L. calcarifer ini. Analisis jujukan rawak memberikan implikasi yang perpustakaan ini adalah representatif bagi genom L. calcarifer. Berdasarkan persamaan dengan jujukan dalam pangkalan data, 17% jujukan rawak ini didapati mempunyai keputusan BLAST yang bermakna, yang menunjukkan mereka mewakili gen L. calcarifer. Analisis dengan menggunakan perisian RepeatMasker menunjukkan sebanyak 25% jujukan rawak ini dikenal pasti sebagai unsur berulang. Pencirian awal terhadap perpustakaan genom ini menunjukkan ia berpotensi sebagai sumber yang berguna dalam kajian genom L. calcarifer.
format	Article
author	Pan-Pan Chong, Adura Mohd-Adnan, Kiew-Lian Wan,
spellingShingle	Pan-Pan Chong, Adura Mohd-Adnan, Kiew-Lian Wan, Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)
author_facet	Pan-Pan Chong, Adura Mohd-Adnan, Kiew-Lian Wan,
author_sort	Pan-Pan Chong,
title	Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)
title_short	Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)
title_full	Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)
title_fullStr	Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)
title_full_unstemmed	Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)
title_sort	pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (lates calcarifer)
publisher	Universiti Kebangsaan Malaysia
publishDate	2005
url	http://journalarticle.ukm.my/3902/ http://journalarticle.ukm.my/3902/
first_indexed	2023-09-18T19:40:05Z
last_indexed	2023-09-18T19:40:05Z
_version_	1777405531641610240

Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)

Similar Items